O congresso nacional tem lugar na segunda quinzena do mês de julho, organizado rotativamente pelos diferentes Núcleos Regionais. Conta com a participação de algumas centenas de professores de todos os níveis de ensino – da Educação Pré-Escolar ao Ensino Superior – para apresentação de relatos de práticas profissionais e reflexão, ao longo de três dias, sobre os grandes temas do ensino e da formação. Nele são apresentadas e discutidas cerca de oitenta comunicações/relatos de Práticas. Em sessões plenárias são comunicados resultados de estudos realizados por sócios sobre a prática do Modelo Pedagógico do MEM.
É o grande momento de mostra e de avaliação do trabalho realizado, ao longo do ano letivo nas escolas, na formação de professores e na investigação.
Estes encontros, em complemento com o trabalho e a dinâmica desenvolvida nos grupos de cooperação formativa, podem considerar-se como a matriz fundadora do Movimento porque foi pelas atividades de formação que construiu o seu modelo isomórfico. Decorrem da convicção, sentida por esta comunidade de conhecimento e aprendizagem, de que se aprende na ação cooperada e pela criação de produtos culturais (textuais, experimentais, artísticos).